Au procès Zola, Trarieux fut un témoin essentiel pour la défense, comme il le fut plus tard au procès de Rennes. Relatant les témoignages qu'il avait recueillis, révélant les constations qu'il a pu faire sur des pièces essentielles ou expliquant comment il avait acquis sa certitude de la culpabilité d'Esterhazy, il fut au premier rang de ceux qui pénétrèrent au cœur même de l’innocence de Dreyfus en apportant en outre devant la juridiction la caution d'un ancien Garde des Sceaux.

Ce soir là, sa mission change de dimension et de nature. Parce qu’il a "entendu les clameurs retentissantes de "A bas et à mort les juifs" " et après que les Généraux de Boisdeffre et de Pellieux aient brandi la " pièce massue " - qui devait plus tard se révéler être le "faux d’Henry "- Trarieux eut l’idée, entre deux séances du procès Zola, le 17 ou le 18 février, lors de la dixième ou de la onzième audience, de créer la Ligue française pour la Défense des Droits de l'Homme et du Citoyen.

Le 20 février 1898, une première réunion eut lieu à son domicile, 4 de rue de Logelbach. Après plusieurs mois d'activité inlassable, ayant réuni un millier d'adhésions, Ludovic Trarieux et ses amis convoquèrent une assemblée générale, dans la salle des Sociétés Savantes, à Paris.

C'est là que, le 4 juin 1898, se constitua définitivement la Ligue française pour la Défense des Droits de l'Homme et du Citoyen, dont Trarieux fut acclamé Président et chargé de rédiger les statuts. Le 4 juillet 1898, le premier manifeste de la Ligue des Droits de l'Homme proclamait : A partir de ce jour, toute personne dont la liberté serait menacée ou dont le droit serait violé est assurée de trouver auprès de nous aide et assistance

Le 20 août 1898, après l'arrestation humiliante, sur ordre du ministre de la Guerre Cavaignac, du Colonel Picquart, "coupable - d'avoir dénoncé le "faux d’Henry ", Trarieux écrivait une nouvelle lettre ouverte à Cavaignac, diffusée à 400 000 exemplaires dans toute la France, où il rappelait avec sérénité : " Il n'y a pas de jugement réel sans défense quand on ignore ce dont on est accusé... Sans entendre, on n'a pas le droit de juger ".

Cavaignac devait démissionner le 5 septembre 1898 et presque un an jour pour jour après la constitution de la Ligue des Droits de l'Homme, le 3 juin 1899, la Cour de cassation cassait le jugement Dreyfus de 1894 et renvoyait l'affaire devant le Conseil de guerre de Rennes.

Témoin au procès, de Rennes qui se tint du 7 août au 9 septembre 1899, Ludovic Trarieux justifia ce commentaire de Victor Basch, qui fut le troisième Président de la Ligue des Droits de l'Homme (1927).

: "  J'ai entendu bien des grands orateurs, je n'ai jamais entendu un discours comme celui-là. Tout ce qu'une âme haute peut contenir d'indignation passionnée, tout ce qu'une âme vraiment humaine peut contenir de tendresse fraternelle, tout ce qu'un esprit bien fait peut contenir de logique, Ludovic Trarieux le révéla dans son discours. Jaurès, qui l'écoutait à côté de moi, dit : " C'est la plus haute manifestation oratoire à laquelle j’ai jamais assisté ".

Tout en diminuant la peine, le Conseil de guerre de Rennes n'en condamna pas moins à nouveau Dreyfus. " Notre défaite est de celles qui ne découragent point, mais qui ne grandissent pas seulement le courage, qui grandissent les situations " commenta Ludovic Trarieux qui, au nom de la justice, s’opposa au Sénat, à la grâce de Dreyfus pour raison de santé prononcée par le Président Loubet, en septembre 1899, ainsi qu’à l’amnistie générale proposée, en juin 1900, par le gouvernement Waldeck-Rousseau, au nom de l'apaisement.

Parallèlement, il continua de développer la Ligue des Droits de l'Homme, qui compta rapidement plusieurs dizaines de milliers de personnes.
Il commença à en diversifier les activités. Dès juin 1899, Trarieux se rendit à Saint-Pétersbourg pour remettre une protestation entre les mains du Tsar en soutien au peuple finlandais en lutte pour la défense de ses libertés fondamentales. La même année la Ligue élève une véhémente protestation contre les massacres turcs d'Arménie, avec tournée de conférences explicatives et collectes de fonds pour venir en aide aux victimes et prend la défense des Juifs de Roumanie.
Le 16 octobre 1899, Trarieux prend la plume pour s’indigner : «Le rouge m'est monté au front et je n'ai pu contenir l'indignation lorsque j'ai lu dans les rapports officiers dus à des officiers de notre armée, que la capture et la vente d'esclaves étaient pour certains de nos chefs militaires un moyen de conquête et se pratiquaient ouvertement sous les plis de notre drapeau... ». En 1900, la Ligue prend position contre la guerre anglo-boer et organise une manifestation en l'honneur du président Krüger.

Epuisé par ses efforts et rongé par la maladie, il dut, en 1903, laisser la présidence de la Ligue des Droits de l'Homme à son ami Francis de Pressensé. Jusqu'à sa mort, il consacra ses derniers efforts à la réhabilitation de Dreyfus, (qu’il ne devait pas connaître puisqu’elle intervint par l'arrêt de cassation du 12 juillet 1906) et à la défense des droits de l'homme. Il mourut le 13 mars 1904 dans son appartement parisien du 4, rue de Logelbach. " Une admirable conscience s'est éteinte " notera, à cette date, Dreyfus dans ses " Carnets ". Quant à Francis de Pressensé, il devait dire : " Trarieux laisse deux filles immortelles : c'est d'abord l'exemple d'une vie consacrée au droit et à la liberté, ennoblie à son déclin par le sacrifice de la lutte; c'est ensuite cette Ligue des droits de l'homme qui continuera l’œuvre dont lui et nous n'aurons fait que poser les fondements " . Bertrand Favreau *. Appendice : Trarieux n'aura cessé depuis d'encourir les critiques ou de subir les avanies à la fois des milieux de gauche qui ne lui pardonneront pas son passé politique de modéré du « centre-gauche » et son attitude vis-à-vis des syndicats ouvriers mais aussi et surtout de droite qui lui ont faussement reproché d'avoir été « protestant » ou "franc-maçon", allégations en soi sans conséquence, si elles ne travestissaient la résurgence d'accusation traditionnelles des années 1897-1904, qui n'ont d'autre objet que de situer son action dans le cadre d'un engagement philosophique hostile à l'armée et à la nation et non d'un combat universel pour la justice et la vérité. On trouvera par exemple sous des plumes peu scrupuleuses des traces de cette vindicte dans les mentions résurgentes notamment de la notice Wikipédia (France) - avec de surcroît une référence « apparemment » scientifique mais totalement fausse qui suffit à établir l'intention malveillante. Loin d'appartenir à une quelconque religion ou une quelconque obédience, tout en professant le plus grand respect pour les unes pour les autres, Trarieux, s'il a été comme son père, proche des franc-maçons notamment par son ami David Raynal, membre de la Loge anglaise 204 de Bordeaux, n'aura été en réalité tout au long de sa vie que fidèle à lui-même. Mais manifestement il semblerait que la théorie de la campagne de "révision" du procès Dreyfus ourdie par un "complot judéo-maçonnique" a la vie dure sous certaines plumes nostalgiques.(Voir André Berland et Georges Touroude, Ludovic Trarieux (1840-1904), Librairie Bruno Sépulchre, 1990, pp. 12 et 31). Plus : Visiter l'Espace Droits de l'Homme Ludovic Trarieux (EDHLUT) à Aubeterre-sur-Dronne * Texte extrait de : Bertrand Favreau "Le droit, la Justice, l'humanité".

Monument à la mémoire de Ludovic Trarieux, Place Denfert-Rochereau, à Paris.